2016年2月3日，燕京啤酒2016中国足协杯赛抽签仪式在北京举行，共有64支球队参加，分别从中超、中甲、中乙、业余四个类别中产生。其中中超联赛球队16支、中甲联赛球队16支，共32支球队自动获得2016中国足协杯赛参赛资格。2016年中乙联赛参赛俱乐部队和已经获得2016中国足协杯赛参赛资格的业余俱乐部队共32支队伍。其中2015年中乙联赛参赛队伍16支(升入2016年中甲联赛的球队由2015年中甲联赛降级的球队替代)，2015年全国业余联赛总决赛前八名队伍8支，2016年足协杯资格赛前八名队伍8支。